成果

創薬等先端技術支援基盤プラットフォーム（BINDS）の実施者による研究支援と研究高度化の成果として輩出されたデータベース、 ツール、論文および特許を紹介します。

開発されたデータベースやツール

ケミカルシーズ・リード　探索ユニット

• 大村天然化合物ライブラリー
  微生物由来の天然化合物を収集したデータベース　（北里大学　岩月正人グループ）
• グリーンファルマを基盤とした創薬オープンイノベーションの推進
  エコファーマとグリーンケミストリーを融合させた独自の取組み　（九州大学　大戸茂弘グループ）

インシリコユニット

• ＦＭＯにもとづく量子化学計算結果のデータベース FMODB
  タンパク質に対するFMO法による量子化学計算結果のデータべース　（理化学研究所　本間光貴グループ）
• オミックスデータベース KNApSAcK Family DB
  薬用・植物知識、有用生物オミックス情報、ヒトオミックス情報、ヒト生理活性を整理したデータベース　（奈良先端科学技術大学院大学　金谷重彦グループ）
• 高速BCR/TCR構造構築サーバ Repertoire Builder
  Ｂ細胞受容体／Ｔ細胞受容体のアミノ酸配列から原子分解能構造を高速で予測するツール　（大阪大学 Daron Standleyグループ）
• タンパク質立体構造類似性検索 FORTE
  モデリングの鋳型検索にもつながる、プロファイル比較法によるタンパク質立体構造類似性検索手法（産業技術総合研究所　富井健太郎グループ）
• タンパク質基質結合部位類似性検索データベース PoSSuM
  類似基質結合(候補)部位のデータベース（産業技術総合研究所　富井健太郎グループ）

プラットフォーム機能最適化ユニット

• データベース統合アプリケーションVaProS
  ヒト・ラット・マウスのオミックス情報を接続したデータクラウドの取り組む　（早稲田大学　由良敬グループ）
• 抗体データベース Antibody Square (抗体広場)
  抗体作成者・利用者・提供者の情報交換サイト（早稲田大学　由良敬グループ）
• 天然リガンドデータベース NLDB
  立体構造との複合体で明らかになっている低分子を本物のリガンドに置き換える取り組む　（東北大学　木下賢吾グループ）
• 共発現データベース COXPRESdb
  ヒト・マウス・ラットなどの遺伝子発現データから発現量が同じ振る舞いをする遺伝子を集めたデータベース　（東北大学　木下賢吾グループ）
• 複合体立体構造の検索・モデリングサーバ　HOMCOS
  ＰＤＢのデータにもとづきタンパク質の複合体立体構造を構築するサーバ　（大阪大学　栗栖源嗣グループ）
• 電顕画像アーカイブ　EMPIAR-PDBj
  電子顕微鏡による生体高分子測定二次元画像のアーカイブ　（大阪大学　栗栖源嗣グループ）
• 超分子モデリングテンプレート探索システム　SIRD
  PDBの自動二次解析データベース　（長浜バイオ大学　白井剛グループ）
• ヒト疾患変異可視化ツール Mutation@A Glance
  ヒト遺伝子にみられるバリエーションとアミノ酸配列／立体構造の関係を可視化する取り組み　（長浜バイオ大学　白井剛グループ）
• 膜タンパク質予測ツール SOSUI
  膜タンパク質の膜貫通部位をアミノ酸配列から予測するシステム　（長浜バイオ大学　白井剛グループ）
• マルチドメインタンパク質立体構造予測ツール PreDom
  立体構造既知タンパク質のドメイン界面を収集したデータベースと、ドメイン界面となるアミノ酸残基を予測する取り組む　（長浜バイオ大学　白井剛グループ）
• in silico構造生物学の分子構造アーカイブ BSM-Arc
  分子動力学法、ホモロジーモデリング法などの計算で得られた生体高分子構造のデータベース　（大阪大学　栗栖源嗣グループ）

BINDS支援技術に関する研究成果（論文）

BINDSの支援を受けた研究成果（論文）