A14-1 RNA分子設計・共結晶化・試料調製支援

ユニット名

支援担当者

支援技術のキーワード

RNA分子設計、RNA合成、結晶化、RNAターゲット創薬、核酸医薬品

支援技術の概要

・結晶解析用モデルRNA分子の設計および合成・精製
特定の立体構造をとる分子として存在するタンパク質と異なり、mRNAやノンコーディングRNAは分子の一部の領域のみで立体構造モチーフを形成する。そのため、RNA分子全体を構造解析することは不可能であり、薬剤標的となる立体構造モチーフを組み込んだ構造解析用のモデルRNA分子をいかに設計するかが構造解析の成功のカギとなる。そこで、二次構造・立体構造予測などで同定した薬剤標的配列をもとに構造解析用RNA分子を設計する支援を行う。

・RNAと医薬品（低分子医薬品・核酸医薬品など）の共結晶化
RNAは分子表面がリン酸基に由来する負電荷で完全に覆われているため、電荷が散在しているタンパク質とは物性が大きく異なる。そのため、RNAの結晶化は、タンパク質の結晶化とは異なる条件で行う必要がある。そこで、我々が独自に開発した核酸分子結晶化用スクリーニングキットを用いたRNA-医薬品複合体の共結晶化条件スクリーニング、結晶化条件の最適化、Ｘ線回折実験のための抗凍結剤の検討、などの支援を行う。

支援技術の利用例

・RNA-低分子医薬品複合体の共結晶化・構造解析
　Kanazawa et al., Nucleic Acids Res., 45, 12529-12535 (2017)
　Kondo, Angew. Chem. Int. Ed., 51, 465-468 (2012) など多数

・RNA-核酸医薬品複合体の共結晶化・構造解析
　Kondo et al., Chem. Commun., 52, 2354-2357 (2016)
　Juan et al., Nucleic Acids Res., 35, 1969-1977 (2007)

支援担当者の研究概要

・上智大学理工学部物質生命理工学科　生物物理学研究室HP
　https://jkondo.wixsite.com/sophia-biophysics

・上智大学学術情報局研究推進センター　研究シーズ集
　https://rscdb.cc.sophia.ac.jp/seeds/76_J.html
　https://rscdb.cc.sophia.ac.jp/seeds/1742_J.html
　https://rscdb.cc.sophia.ac.jp/seeds/1741_J.html