C6-4 タンパク質のアミノ酸配列に基づく各種解析

ユニット名

支援担当者

支援技術のキーワード

配列情報解析、切断部位予測、細胞内局在予測、分子系統解析、ドメイン同定

支援技術の概要

当グループの開発技術ならびに既存技術を用いて、タンパク質のアミノ酸配列に基づく各種解析の支援を実施する。主要な技術として、当グループで開発されたアポトーシス実行因子Caspase-3の基質タンパク質と切断部位の予測（ScreenCap3）法や共同研究により開発され当グループで維持、公開しているミトコンドリアターゲティング配列と切断部位の予測（MitoFates）法などがある。また、立体構造モデリングにも利用されるプロファイル比較法FORTEは、タンパク質のドメインや機能あるいは系統樹推定などにも有効である。こうした技術や既存技術などを利用し、配列・構造・機能・進化などについての様々な解析を支援する。

支援技術の利用例

ScreenCap3は、Caspase-3の基質タンパク質である可能性の判断および、基質タンパク質であると判断された場合の切断部位予測を実施可能。MitoFatesは、対象タンパク質中のミトコンドリアターゲティング配列の有無および切断部位の予測に利用可能である。開発したプロファイル比較に基づく高感度・高精度なタンパク質類似性検索法FORTEを用いて、従来の配列類似性検索手法では検出できなかった新たなドメインの同定（および構造予測）などに利用可能である。

支援担当者の研究概要

タンパク質の配列情報や立体構造情報等に関する大規模データを利用した、立体構造および複合体構造予測法、タンパク質間相互作用（部位）予測法、リガンド結合部位予測法、切断部位予測法等の開発と提供を行っている。また、開発手法をはじめとするバイオインフォマティクス技術を応用し、様々なライフサイエンス研究の推進を支援している。これまでに開発したプロファイル比較に基づく高感度・高精度なタンパク質類似性検索法FORTEを用いて、従来の配列類似性検索手法では検出できなかったドメインなどの同定および構造予測を行っている。